Det vand, vi har i vore vandhaner, er i mange dele af landet slet ikke egnet til akvarier, forstået på den måde, at vi ikke bare kan tage et tomt akvarie (eller havebassin) og fylde med vand fra posten, og så umiddelbart sætte fisk og planter heri. Når vandet fra vandværket skal sendes gennem vandrørene, bliver det forinden behandlet på forskellig vis, så det er bedst muligt egnet til transporten. F. eks. ønsker man at begrænse muligheden for, at der kan optræde biologiske processer (bakterier eller andet) i rørene. Hvis der i rørsystemerne forekommer jernrør, prøver man endvidere at beskytte disse rør mod korrosion, og det sker ved at gøre vandet alkalisk, idet surt vand er i stand til at opløse små mængder jern. Det vand, der kommer ud af hanerne, kan altså betragtes som en slags 'kemisk' vand, hvor biologiske processer helst ikke skal forekomme, mens det vand, vi ønsker i akvariet kan betegnes som 'biologisk' vand, altså vand, der bedst muligt understøtter de biologiske processer hos fisk og planter.
Det biologiske vand indeholder en hel del af en række forskellige små mikroskopiske dyr og planter. De mikroskopiske dyr (infusorier, hjuldyr o.l.) hjælper med til at holde vandet klart, idet de spiser de små organiske rester, der svæver rundt i vandet. Disse rester, som f. eks. sukker eller stivelse, som udskilles fra planter, der nedbrydes, eller opløste rester af foder, vil ellers hurtigt gøre vandet uklart. De mikroskopiske planter, mest bakterier, nedbryder de affaldsstoffer, som fiskene udskiller, og omdanner dem til gødning for planterne.
Når du anlægger et nyt akvarie, og fylder det med friskt (= 'kemisk') vand, vil det altså ikke indeholde nogle af disse mikrober, men de planter og vandet ved de fisk, man køber, indeholder naturligvis altid lidt af disse små dyr og planter, så efter en vis tid vil vandet i et nyt akvarium blive 'biologisk'. Vil man fremskynde processen meget, kan dette gøres ved at få fat i noget 'gammelt' akvarievand, og så lade 3-5 procent af vandet i det nye akvarie bestå af dette. Efter du har indrettet dit nye akvarie med bundlag og planter, bør du derfor lade det stå i helst 8-10 dage og gerne længere, før du sætter fisk i. I havedammen kan processen fremskyndes ved at udsætte et udvalg af forskellige smådyr: Dafnier, Cyclops, Vandbænkebidere o.l.
Vandets kvalitet kan også variere på anden måde. Vi har vel alle hørt om begrebet blødt og hårdt vand, og mange, i hvert fald akvarister, har også hørt om surt og alkalisk (eller basisk) vand. De to begreber, hårdt/blødt vand og surt/alkalisk vand er godt nok forskellige, men der er dog alligevel en sammenhæng, idet hårdt vand jo indeholder kalk, der samtidig virker alkalisk. Disse forhold er også noget, der har indvirkning på, hvordan fisk og planter trives.
Endelig er vandets temperatur også en væsentlig faktor, men den volder vel næppe de store problemer nu til dags. Et elektrisk varmelegeme med indbygget termostat kan indstilles til at holde en præcis temperatur.